AcypiCyc

La base de données AcypiCyc

Les réseaux métaboliques du puceron

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L'annotation métabolique des gènes du puceron.

Le séquençage récent du génome du puceron du pois (Acyrthosiphon pisum), associé au séquençage déjà disponible du génome de son symbiote primaire (Buchnera aphidicola), nous a amené à développer AcypiCyc, une base de données BioCyc dédiée. Nous avons utilisé le logiciel Pathway Tools Software (SRI International) pour construire cette base BioCyc, mais nous avons en plus développé un outil logiciel, Cyc Annotation Database System (CycADS), pour collecter et assembler les données d'annotations de génes/protéines issues de différentes sources.

Une base de données pour de multiples applications.

Nous espérons que la base de données AcypiCyc sera utile aux chercheurs de l'International Aphid Genomics Consortium en tant qu'outil d'étude du métabolisme du puceron. AcypiCyc offre un cadre pour l'analyse intégrée des réseaux métaboliques et la possibilité d'explorer le métabolisme du puceron. Grâce à sa plateforme aux formats ouverts (WebServices, BioPAX, SBML), les données peuvent être intégrées à d'autres outils en vue d'analyses des réseaux métaboliques et d'analyses génomiques complexes.

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Date de modification : 18 juillet 2023 | Date de création : 03 mai 2010 | Rédaction : Stefano Colella, Patrice Baa-Puyoulet