En savoir plus

Une base de données pour l'étude du métabolisme des arthropodes

Les séquences de plusieurs arthropodes sont disponibles et de nombreux génomes vont être séquencés dans un futur proche (par exemple, le projet i5K Arthropod Sequencing Initiative).

Collecter et structurer les informations au sein d'une base de donnée est très utile pour les chercheurs qui étudient le métabolisme des organismes modèles récemment séquencés, pour mieux comprendre les différents aspects de la biologie des arthropodes. De plus, la disponibilité de multiples séquences de génomes ouvre la voie aux études omiques comparatives.

De AcypiCyc à ArthropodaCyc

CycADS ayant été utilisé avec succès pour générer AcypiCyc, une base de type BioCyc relative au métabolisme du puceron du pois, nous avons décidé de construire une base (métabol)omique pour d'autres arthropodes dont la séquence du génome est disponible. Nous avons conservé les mêmes paramètres de workflow pour la collecte des données d'annotations (méthodes: KAAS, Blast2GO, Priam, PhylomeDB). ArthropodaCyc permet d'utiliser les outils d'analyses des réseaux métaboliques de PathwayTools.

Un outil de travail pour les chercheurs intéressés par le métabolisme des arthropodes

Avec ArthropodaCyc, nous souhaitons participer à l'échange d'information au sein de la communauté scientifique étudiant le métabolisme des arthropodes. Nous sommes ouverts à des collaborations autour de projets de séquençage de génomes d'arthropodes, pour aider dans l'annotation du métabolisme.