Architecture logicielle

L'architecture logicielle CycADS

CycADS workflow

CycADS est basé sur une base SQL ad hoc, complementée par un jeu de modules de programmes Java pour importer et exporter l'information pertinente. Les données provenant de GenBank et d'autres bases et outils d'annotation de gènes (KAAS, PRIAM, PhylomeDB, Blast2GO, MetaPhOrs) sont collectées et assemblées dans la base de données CycADS, afin de générer un ficher d'entrée complet créant ou mettant à jour une base BioCyc à l'aide de Pathway Tools Software (SRI International).

CycADS permet l'intégration, dans la base BioCyc, de liens spécifiques enrichissant les ressources d'information (dans AcypiCyc: AphidBASE, KEGG orthology et PhylomeDB) en supplément des références aux bases existantes inclues dans Pathway tools (ex GenBank, BRENDA, Gene Ontology, ...).

A ce jour, notre outil a été utilisé pour générer trois collections de bases de données métaboliques :

  • AcypiCyc, dédiée au puceron du pois ;
  • ArthropodaCyc, dédiée plus largement aux arthropodes ;
  • ArtSymbioCyc, dédiée à la symbiose (en version beta).

Voir aussi

Date de modification : 18 juillet 2023 | Date de création : 06 mai 2010 | Rédaction : Stefano Colella, Patrice Baa-Puyoulet