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La séquence du génome est disponible pour de nombreux micro-organismes symbiotiques, alors que pour l'instant quelques hôtes eukaryotes seulement ont été séquencés. L'International Aphid Genomics Consortium a récemment séquencé et annoté le génome du puceron du pois (Acyrthosiphon pisum), ouvrant la voie aux approches génomiques pour l'étude des différents aspects de la biologie de l'insecte. Comme la séquence du génome de Buchnera aphidicola, le symbiote primaire du puceron, est aussi disponible, une approche globale peut être appliquée pour l'étude de la symbiose entre ces deux organismes. Buchnera est connue pour fournir des acides aminés essentiels au puceron, mais le réseau métabolique complet sous-jacent de cette relation symbiotique n'a pas encore été complètement élucidé.

Pour utiliser un approche systémique globale dans l'étude du métabolisme, des données génomiques de l'hôte et de son symbiote ont été collectées dans un format standard et mises à jour régulièrement. Comme point de départ et modèle pour de futures recherches sur le métabolisme symbiotique, nous avons développé AcypiCyc, une collection de bases de données de type BioCyc dédiées au puceron et à son symbiote. Cette base de données a été développée grâce au logiciel récent CycADS.

La base AcypiCyc peut servir de modèle pour les bases de données dédiées à l'analyse des réseaux métaboliques partagés entre différents partenaires symbiotiques (couple ou communautés si l'on inclut les symbiotes secondaires, parfois importants pour certaines fonctions métaboliques). Les bases de données BioCyc, comme AcypiCyc, représentent une ressource clé pour la recherche biologique computationnelle et les analyses de données génomiques et métaboliques complexes.

The International Aphid Genomics Consortium (IAGC)

Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum.

PLoS Biol 8(2): e1000313, 2010. doi:10.1371/journal.pbio.1000313 [PubMed] [PLoS Biology]